2029年,公安九課在市容很像香港的日本城市“新港市”中執(zhí)行各種秘密任昆蟲海島。九課因為不顧正當(dāng)程序的自作主張,強硬行事,往往與政府其他部門起沖突,例如負(fù)責(zé)外交的公安六課就與九課不合。另一方面,九課之中的重要人物,全身是義體的機械生化人草薙素子,對于自己的現(xiàn)狀一直隱隱感到不滿。有一天,公安九課因為一件外國政要的刺殺未遂案而開始追查神秘的黑客“傀儡師”??軒熌芡高^網(wǎng)絡(luò)入侵人腦,植入虛擬記憶,再利用記憶被竄改的對象來達成目的。雖然九課的追查沒有成功,藏有傀儡師的“靈魂”的機械生化人卻自行來到九課。公安六課隨后趕來將傀儡師綁走。草薙素子因為在事前就推測出六課的綁架行動而成功攔截傀儡師。這時發(fā)現(xiàn)原來傀儡師并不是人類,而是公安六課設(shè)計來非法操縱人類的電腦程式“2501計劃”。2501計劃在意外中產(chǎn)生自覺意識,決定逃出六課以求生存,并且要求和草薙素子的靈魂“融合”以求進一步發(fā)展。草薙素子最后在同事巴特的協(xié)助與掩護下完成融合并且脫離政府掌握,下落不明,其意識與整個網(wǎng)絡(luò)融合。